Struktur organisasi Sekretariat Daerah Provinsi Kalimantan Timur menyesuaikan Peraturan Gubernur Nomor 18 Tahun 2021 tentang Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Sekretariat Daerah Provinsi Kalimantan Timur yang merupakan tindak lanjut dari Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 56 Tahun 2019 tentang Pedoman Nomenklatur Dan Unit Kerja Sekretariat Daerah Provinsi Dan Kabupaten/Kota.